Naturalni wrogowie

Motylami odżywiają się liczne gatunki owadów drapieżnych i pasożytniczych. Do tej pierwszej grupy wrogów motyli należą przede wszystkim muchówki z rodziny łowikowatych, a także chrząszcze z rodzin: biegaczowatych, trzyszczowatych czy kusakowatych np: liszkarz mniejszy czy biegacz złocisty. Owady te polują głównie na gąsienice, w tym również na gatunki uznawane przez człowieka za szkodniki.
Wśród owadzich pasożytów, wiele z nich pasożytuje kosztem gąsienic motyli.
Są to zazwyczaj błonkówki lub muchówki, które składają jaja wewnątrz ich ciał. Do gatunków takich należą gąsieniczniki, bleskotki, baryłkarze oraz rączyce. Te owady, żyjące kosztem gąsienic, również mogą paść ofiarą pasożytów, tzw. hiperpasożytów.
Gąsienice stosują szereg strategii mających na celu ochronę przed wrogami. Służy temu ich kamuflaż, pokrywające ciało, parzące włoski, a także wypustki (osmeterium), które wydzielają drażniący zapach. Część gąsienic posiada odstraszający wygląd, upodabniający je do groźnych drapieżników (np. gąsienice tropikalnych zawisaków z rodzaju Leucorhampha przypominają głowę żmij) (zobacz też: Gąsienice jak żmije).

Motylami odżywiają się również liczne pająki, które polują zazwyczaj na osobniki dorosłe. Część pająków korzysta przy tym z lepkich sieci, inne czyhają w ukryciu. Dzięki doskonałemu kamuflażowi wykorzystują efekt zaskoczenia. Ukrywając się w kwiatach, polują na pożywiające się motyle (np. pająki kwietniki).  

Wśród ssaków, głównym wrogiem motyli są nietoperze, które dzięki zdolnościom echolokacyjnym z łatwością polują na poruszające się w ciemności owady. Część ciem potrafi zmylić atakującego nietoperza nagle opadając na powierzchnię ziemi.  

Największymi naturalnymi wrogami motyli dziennych są ptaki. Ptaki polują zarówno na osobniki dorosłe jak i gąsienice, poczwarki i jaja, posługując się przy ich wyszukiwaniu doskonałym wzrokiem.

Motyle zapadają również na wiele chorób wirusowych, grzybowych i bakteryjnych, które atakują przeważnie postacie larwalne i poczwarki. Część z tych patogenów jest wykorzystywana do walki biologicznej ze szkodnikami.