Najważniejszymi przyczynami zanikania gatunku są: rozbudowa infrastruktury i przemysłu, sztuczne zalesianie łąk górskich, zanieczyszczenie środowiska pestycydami oraz metalami ciężkimi. W przeszłości, niepylak apollo był wyłapywany przez kolekcjonerów.

Wymieraniu gatunku sprzyjają również niekorzystne zmiany w środowisku m. in. zarastanie łąk, muraw naskalnych oraz zmiany klimatu. Nie bez znaczenia jest również niewielka tolerancja ekologiczna samego gatunku, słabe zdolności migracyjne, a także niska rozrodczość.