Niepylak apollo w przeciągu ostatnich 100 lat zniknął zupełnie z wielu pasm górskich. Według czerwonej księgi europejskich motyli, niepylak apollo występuje w dwudziestu ośmiu krajach Starego Kontynentu. W dwunastu spośród nich oznaczony został jako gatunek zanikający, a z trzech wymarł zupełnie. Tylko w pięciu krajach Europy sytuacja liczebności niepylaka apollo wydaje się być stabilna. Sporadycznie, pojedyncze osobniki tego motyla widywane są poza zasięgiem występowania gatunku (np. na Wyspach Brytyjskich). Jednak są to zazwyczaj wędrówki przypadkowe, które nie mogą być traktowane jako ekspansja gatunku. W żadnej z nowych lokalizacji nie stwierdzono występowania postaci larwalnych. Najważniejszą przyczyną wymierania niepylaka apollo, a także wielu innych gatunków motyli w Europie jest zanikanie odpowiednich siedlisk na skutek rozwoju przemysłu czy intensyfikacji rolnictwa. Zanikaniu motyla sprzyja również zanieczyszczenie środowiska metalami ciężkimi.

Ochrona niepylaka apollo w Europie polega w większości przypadków na tzw. ochronie biernej, która polega na objęciu gatunku ochroną prawną. W dziewiętnastu krajach Europy (stan z 2004 roku) niepylak objęty został ochrona gatunkową. Dodatkowo w trzynastu krajach Europy chronione są również miejsca występowania tego motyla. Jedynie w siedmiu krajach prowadzony jest monitoring rodzimych populacji. Sporadycznie podejmowane są też próby ochrony czynnej niepylaka (zobacz: Ochrona czynna niepylaka w Pieninach).