Zaniepokojony niepylak apollo wykazuje ciekawe zachowanie obronne. Pokazuje znajdujące się na tylnym skrzydle czerwone „oka”, jednocześnie wydają osobliwy szelest, pocierając odnóżami spód skrzydeł.
Niepylaki odwiedzają kwiaty nie tylko w celach konsumpcyjnych. Motyle te chętnie odpoczywają i wygrzewają się na kwitnących roślinach.
Motyle najczęściej poruszają się wzdłuż określonych tras. Zasięg ich wędrówek ograniczają naturalne elementy ukształtowania terenu tj. skały, doliny rzeczne, kotliny, a także rozległe obszary porośnięte lasami.
Niepylak apollo jest gatunkiem, u którego występuje dymorfizm płciowy. Przednie skrzydła samic są większe, o wyraźnie ciemniejszym napyleniu.
Brzegi skrzydeł są pozbawione łusek (tzw. pyłku) – stąd nazwa „niepylak”.
Oprócz niepylaka apollo rozchodnikami odżywiają się gąsienice jeszcze jednego gatunku rzadkiego motyla. Jest nim modraszek orion.
Czynnikiem odgrywającym kluczową rolę dla rozwoju poczwarek niepylaków apollo jest nasłonecznienie.
Czynnikiem wpływającym niekorzystnie na rozwój motyli w stadium poczwarki jest wzrost wilgotności. Pewną ochronę przed wilgocią stanowi pokrywający je niebieskawy nalot, który jest jednocześnie ich kamuflażem. W dogodnych warunkach przeobrażenie niepylaka apollo trwa 8 – 10 dni.
Podczas pogorszenia pogody zaraz po pojawieniu się samców, chłód oraz padający deszcz mogą opóźnić okres wykluwania się samic. Zdarza się, że nie zostają one zapłodnione. W takim wypadku, populacja motyla może stanąć na skraju wyginięcia.